接下来，作者在T2T项目中模拟了完全组装的8号染色体（146 Mbp）和X染色体（154 Mbp）的读取，覆盖范围为20x（HiFi）和40x（ONT）。近年来，基于酶促转化的甲基化测序技术不断涌现。 APOBEC偶联甲基化表位测序（ACE-seq）可以特异性检测5hmC，酶促甲基化测序（EM-seq）可以特异性检测5hmC。同时检测5mC和5hmC。
Winnowmap2从每次读取中识别MCAS，其中比对质量（mapQ）分数用于评估比对的唯一性，它反映了子串的最佳比对和次佳比对之间的分数差异。
该测序技术的工作原理是将基因组DNA 的随机片段附着在光学透明的表面上。这些DNA 片段通过延伸和桥接进行扩增，形成具有数亿个簇的流通池，每个簇包含大约1,000 个相同DNA 的拷贝。板，然后使用4 种不同的末端封闭的荧光标记碱基进行序列合成。 Illumina Hiseq 2000 能够对特定组织/细胞中的基因表达标签进行高通量并行测序。
基于高效的亚硫酸氢盐处理结合新一代高通量测序技术Illumina Hiseq 2000，全基因组水平的高精度甲基化检测已成为现实。通过基因组测序和CRISPR-Cas9基因组编辑的综合分析，GRM8对LUSC肿瘤的促进作用在手术和PDX肿瘤上得到综合鉴定和验证。再次进行桥接PCR，这次保留P5'上的DNA链，进行第二轮测序，加入Rd2SP，测量这次从Rd2SP开始的DNA序列，实现双端测序（图10）。
HiSeq 2000测序系统是前所未有的高通量测序系统，不仅提高了测序通量、降低了成本，还提供了创新的用户体验。通过IGV可视化Winnowmap2和其他三种长读比对工具NGMLR、minimap2和graphmap的结果，结果表明，在这四种方法中，Winnowmap2在该区域达到了预期的比对覆盖范围。
通过检测基因组中的单碱基变异（SNV）、拷贝数变异（CNV）、插入和缺失（Indels）、结构变异（SV）以及HBV整合位点，他们发现了一系列HBV介导的基因突变和相关信号通路变化与肝细胞癌的发生、发展有关。 DNA片段文库制备整个过程仅需2天，单端测序长度可达100bp，双端测序长度可达200bp。
另外，在内存和运行速度方面，minimap2一直使用时间最少，Winnowmap2的运行时间低于NGMLR，大约是minimap2的两倍（图4）。